Le malattie causate da funghi microscopici sono piuttosto frequenti in allevamento, specialmente se le condizioni ambientali sono poco igieniche a causa dell’umidità, se la selezione è molto spinta, se vengono fatti trattamenti antibiotici frequenti. Una delle più frequenti è la Candida (Mughetto) che causa perdite soprattutto tra i giovanissimi.

In ambienti bui può svilupparsi la tigna cutanea e delle penne.

In ambienti poco ventilati e con maggior frequenza nei falchi e nei pappagalli cenerini può diffondersi l’Aspergillosi polmonare, patologia drammatica perché difficilmente curabile e molto invalidante.

Caratteristica del canarino, ma presente anche in altri uccelli, è la Megabatteriosi (o Micosi 80), una malattia emergente che causa un dimagrimento progressivo in animali che mantengono un appetito vorace, fino a causarne la morte dopo settimane o anche mesi.