Una malattia protozoaria da non trascurare è la Toxoplasmosi, particolarmente pericolosa nel caso di donne in gravidanza. Il soggetto colpito staziona sul posatoio con occhi socchiusi, perde peso, si dimostra letargico, ha piumaggio arruffato e tende a perdere la vista.
Meno frequente, diffuso soprattutto nelle Calopstitte, la Guardia causa dapprima diarrea acquosa e successivamente sintomatologia neurologica per carenza di vitamine del gruppo B.
Come accade anche nella medicina umana, i virus sono microrganismi contro i quali abbiamo ancora meno armi. Ecco quindi che l’unica vera risorsa è la vaccinazione quando presente, la profilassi igienico-sanitaria in tutti gli altri casi. I vaccini per gli uccelli da esposizione sono purtroppo ancora molto pochi.
Nel canarino esiste quello per il vaiolo.
Anche gli uccelli possono ospitare nel loro apparato digerente dei parassiti che possono dare patologie anche gravi se non opportunamente trattate.
Essenzialmente è possibile suddividere i parassiti intestinali degli uccelli in protozoi ed elminti. Nel primo caso si tratta di parassiti unicellulari, quindi di piccolissime dimensioni e non visibili ad occhio nudo.